| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 546,491 | G→T | 88.0% | V199V (GTG→GTT) | ybcF → | putative carbonate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 546,491 | 0 | G | T | 88.0% | 604.0 / 82.5 | 239 | V199V (GTG→GTT) | ybcF | putative carbonate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/18); new base T (112/98); total (123/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TGCGCCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGC > CP009273/546346‑546637 | gcgcCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGttattga < 1:4172615/150‑1 (MQ=255) cGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATaaa > 1:1064281/1‑150 (MQ=255) cGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATaaa > 1:2590911/1‑150 (MQ=255) gggTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAg > 2:2966048/1‑150 (MQ=255) ggtggtGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGa > 2:3205452/1‑150 (MQ=255) ggtggtGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGa < 1:2118811/150‑1 (MQ=255) gtggtgGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGAt < 1:1144927/150‑1 (MQ=255) gtggtgGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGAt < 1:1144999/150‑1 (MQ=255) tggtggCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGAtc < 1:4496678/150‑1 (MQ=255) ggtggCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGAtct > 1:1760971/1‑150 (MQ=255) gTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTcgccgc > 1:2099015/1‑150 (MQ=255) cGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGt > 2:1590974/1‑150 (MQ=255) cGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGt > 1:1836411/1‑150 (MQ=255) 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cAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAg > 2:1279503/1‑150 (MQ=255) aGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAgc < 2:1290021/150‑1 (MQ=255) | TGCGCCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGC > CP009273/546346‑546637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |