| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 569,775 | G→A | 40.5% | V122I (GTT→ATT) | quuD → | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 569,775 | 0 | G | A | 40.5% | 230.1 / inf | 309 | V122I (GTT→ATT) | quuD | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/103); new base A (58/67); total (139/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAG > CP009273/569628‑569924 | gATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgtt < 1:3975811/150‑1 (MQ=255) ttattaTGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCattgt < 1:4310536/150‑1 (MQ=255) tattatGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttgtt > 2:2848136/1‑150 (MQ=255) 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gTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAAc > 2:876409/1‑150 (MQ=255) tAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCATTGTTAATAAct > 2:3238283/1‑150 (MQ=255) gTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCATTGTTAATAACTCtaatt > 2:3278558/1‑150 (MQ=255) tATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCATTGTTAATAACTCtaatta < 2:1612228/150‑1 (MQ=255) tGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCtaattaat < 2:841347/150‑1 (MQ=255) 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gTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCATTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTaaaaa < 1:759557/150‑1 (MQ=255) cATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAattatt > 2:3991189/1‑150 (MQ=255) aTTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAATGCTGAGGGCATAATTGAATGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCATTGTTAATAACTATAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAAttatta > 2:3939697/1‑150 (MQ=255) aTTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCATTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAAttatta < 1:62891/150‑1 (MQ=255) ctgctCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTaaaaa < 2:299698/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |