| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 56,677 | G→T | 93.5% | R145S (CGC→AGC) | lptD ← | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 56,677 | 0 | G | T | 93.5% | 689.4 / 37.5 | 232 | R145S (CGC→AGC) | lptD | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/6); new base T (116/101); total (125/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TCTTCGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTGT > CP009273/56532‑56822 | tcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACccacc > 2:1799212/1‑150 (MQ=255) cgcgGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACccacca > 2:2246929/1‑150 (MQ=255) gcgGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCAt > 2:536795/1‑150 (MQ=255) ggTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCt < 1:3373207/150‑1 (MQ=255) tCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTgg > 1:2184045/1‑150 (MQ=255) cATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGt > 1:1633709/1‑150 (MQ=255) cATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGt < 2:3780009/150‑1 (MQ=255) tGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTaa > 1:3206213/1‑150 (MQ=255) gAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAAt > 2:673119/1‑150 (MQ=255) gAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAAt < 2:356470/150‑1 (MQ=255) aataatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATc < 1:3646514/150‑1 (MQ=255) ataatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCa < 1:563582/150‑1 (MQ=255) ataatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCa < 1:715656/150‑1 (MQ=255) taatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCAc > 1:268424/1‑150 (MQ=255) atTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCt > 2:3789015/1‑150 (MQ=255) tCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTcc < 2:955278/150‑1 (MQ=255) gCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGTTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCa < 2:2642058/150‑1 (MQ=255) tacctaccACGCTCCAGGTGTCATAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGa > 1:4456143/1‑150 (MQ=255) tacctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGa > 1:3605957/1‑150 (MQ=255) acctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGAc < 1:1729884/150‑1 (MQ=255) ctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGt > 2:928439/1‑150 (MQ=255) taccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCCGACGtt > 2:4095540/1‑150 (MQ=255) cACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGt > 2:1404789/1‑150 (MQ=255) gCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCATGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATc > 2:2381378/1‑150 (MQ=255) gCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATc > 2:2696651/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCtt < 1:1468827/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCttt > 2:1992716/1‑150 (MQ=255) ggTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgt > 1:2364014/1‑150 (MQ=255) cAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCa > 2:2146010/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |