| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 76,821 | G→T | 48.3% | G177G (GGC→GGA) | leuC ← | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 76,821 | 0 | G | T | 48.3% | 146.7 / inf | 290 | G177G (GGC→GGA) | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/57); new base T (77/63); total (170/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CCCATTTCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATGCGAGTC > CP009273/76672‑76970 | aTTTCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTccc > 2:3323770/1‑150 (MQ=255) aTTTCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGccc > 1:354575/1‑150 (MQ=255) aTTTCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGccc > 1:2571813/1‑150 (MQ=255) tttCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCg < 1:2447246/150‑1 (MQ=255) cGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGgcg > 2:4083709/1‑150 (MQ=255) gATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGgcgc < 2:3972598/150‑1 (MQ=255) ttGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCgg > 1:3965016/1‑150 (MQ=255) tGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGc < 2:2154379/150‑1 (MQ=255) 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ccATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGttt < 2:2868076/150‑1 (MQ=255) ccATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGttt < 2:581554/150‑1 (MQ=255) cATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtttt < 1:4185025/150‑1 (MQ=255) cATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtttt > 2:31092/1‑150 (MQ=255) tAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGcgcg > 1:3663505/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |