| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 80,123 | C→T | 92.9% | G25S (GGC→AGC) | leuL ← | leu operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 80,123 | 0 | C | T | 92.9% | 836.1 / 39.4 | 252 | G25S (GGC→AGC) | leuL | leu operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/10); new base T (108/126); total (116/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCTGACGCAA > CP009273/79977‑80269 | gcgcAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTCGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTc < 1:3763771/150‑1 (MQ=255) cgcAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCa < 1:2240341/150‑1 (MQ=255) tgtgGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGt < 2:3042020/150‑1 (MQ=255) 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aTCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACcg < 2:2281431/150‑1 (MQ=255) tCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACcgc < 1:150220/150‑1 (MQ=255) cGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACcgcg < 1:959164/150‑1 (MQ=255) gAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCgcgc > 1:2281066/1‑150 (MQ=255) aaaaTAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCa < 2:4116234/150‑1 (MQ=255) aataatGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCaaa > 2:564737/1‑150 (MQ=255) aataatGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCaaa > 2:2851624/1‑150 (MQ=255) aataatGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCaaa > 1:424376/1‑150 (MQ=255) aatGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAaagaa > 1:3846860/1‑150 (MQ=255) tGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAagaaga > 1:3765755/1‑150 (MQ=255) 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ccTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATa > 2:4171492/1‑150 (MQ=255) ccTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATa > 1:1124119/1‑150 (MQ=255) gTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGc < 2:3271612/150‑1 (MQ=255) ctctTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGa > 2:2519364/1‑150 (MQ=255) tctTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGaa < 2:2191867/150‑1 (MQ=255) 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tGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATg < 2:2359217/150‑1 (MQ=255) cTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCa > 2:3763408/1‑150 (MQ=255) ttAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCaa < 2:2066393/150‑1 (MQ=255) aaTGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAAcc < 1:564737/150‑1 (MQ=255) aaTGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAAcc < 1:2851624/150‑1 (MQ=255) 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aTGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCTGACGCa > 1:2562157/1‑150 (MQ=255) aTGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCTGACGCa < 1:1209026/150‑1 (MQ=255) | CGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCTGACGCAA > CP009273/79977‑80269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |