Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 82,465 | G→T | 8.2% | D117Y (GAC→TAC) | ilvI → | acetolactate synthase 3 large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 82,465 | 0 | G | T | 8.2% | 853.4 / 34.7 | 231 | D117Y (GAC→TAC) | ilvI | acetolactate synthase 3 large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/124); new base T (7/12); total (95/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
AAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGATATTCTT > CP009273/82316‑82614 | aaGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCg > 2:3855509/1‑150 (MQ=255) aaGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATAAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCg > 1:1026827/1‑150 (MQ=255) cGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt > 1:961599/1‑150 (MQ=255) cGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt > 1:1680721/1‑150 (MQ=255) ggCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAtg > 1:3510295/1‑150 (MQ=255) cgtcgtGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAtggt < 1:593561/150‑1 (MQ=255) gtcgtGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAtggtg < 2:2975102/150‑1 (MQ=255) cTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGAtt > 1:2587455/1‑150 (MQ=255) 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gggTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCggt > 1:470578/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCggtg > 1:3918269/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCggtgg > 1:2741017/1‑150 (MQ=255) ccAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGtt < 1:3967819/150‑1 (MQ=255) ccAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGtt < 1:3490793/150‑1 (MQ=255) cAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTa < 1:1527102/150‑1 (MQ=255) aGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCTACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTag > 2:1250468/1‑149 (MQ=255) aGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTaa > 1:2242971/1‑150 (MQ=255) gggCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAac > 2:3167298/1‑150 (MQ=255) gggCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAac < 1:2789413/150‑1 (MQ=255) 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gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCagt < 2:1039170/150‑1 (MQ=255) tAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGTGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCagtag > 1:3774762/1‑150 (MQ=255) ggTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTc < 2:1231692/150‑1 (MQ=255) ggTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTc < 2:613471/150‑1 (MQ=255) tACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGtt < 2:4060384/150‑1 (MQ=255) 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aGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAg > 2:2363018/1‑150 (MQ=255) aGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAg > 2:2363041/1‑150 (MQ=255) aGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAg > 1:1891242/1‑150 (MQ=255) gAGTGCTACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGat < 1:2564536/150‑1 (MQ=255) gAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGat < 2:2422732/150‑1 (MQ=255) gTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGatat < 1:1700003/150‑1 (MQ=255) gTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGatat > 2:164318/1‑150 (MQ=255) gTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGatat < 1:3685162/150‑1 (MQ=255) gCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGATATTc < 2:4191982/150‑1 (MQ=255) gACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGATATTCtt > 2:1278617/1‑150 (MQ=255) gACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGATATTCtt > 2:1278544/1‑150 (MQ=255) gACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGATATTCtt > 2:1278532/1‑150 (MQ=255) | AAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCAAACGGAAGACATTCCGCAGGTGCTGAAAAAGGCTTTCTGGCTGGCGGCAAGTGGTCGCCCAGGACCAGTAGTCGTTGATTTACCGAAAGATATTCTT > CP009273/82316‑82614 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |