Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 868,897 | G→T | 13.4% | D155Y (GAC→TAC) | yliE → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 868,897 | 0 | G | T | 13.4% | 1011.4 / 87.5 | 307 | D155Y (GAC→TAC) | yliE | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (133/132); new base T (13/29); total (146/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
ATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAAC > CP009273/868748‑869046 | taaataTTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGa < 1:3396640/150‑1 (MQ=255) aaataTTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATTAc > 1:4325829/1‑150 (MQ=255) aaataTTACCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATCATAAAATCGTTGTTTAACATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGAc < 1:169829/150‑1 (MQ=255) aaataTAATCTTTTTTCGCGGCGGGCTAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGTAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGCCAGGGCGGGTTATTTTGGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATTAc < 1:186370/150‑1 (MQ=255) atatTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGActc > 2:2989928/1‑150 (MQ=255) tattatCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGActct > 2:936305/1‑150 (MQ=255) tatCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATGGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTaac < 1:3688989/150‑1 (MQ=255) atCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTaaca > 1:2195938/1‑150 (MQ=255) tCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGTAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTaacaa < 1:2953130/150‑1 (MQ=255) cTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTaacaac > 1:1046821/1‑150 (MQ=255) tttttCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAg > 2:60212/1‑150 (MQ=255) ttttCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGc < 2:3394866/150‑1 (MQ=255) ttttCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATAGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGc > 2:3994286/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |