| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 874,246 | G→T | 5.5% | A17S (GCT→TCT) | yliI → | soluble aldose sugar dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 874,246 | 0 | G | T | 5.5% | 959.7 / 22.4 | 254 | A17S (GCT→TCT) | yliI | soluble aldose sugar dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (131/109); new base T (6/8); total (137/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GGGAGAAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCTGCAACGGTAAATGTCGAAGTACTGCAAGACAAACTCGACCATCCCTGGGCACTGGCCTTTTTACCCGATAATCACGGTATGTTAATCACTCTGCGCGGCGGCGAGTTGCGTCACTGGCAAGCAGGAAAAGGA > CP009273/874097‑874395 | gggAGCAAGCGTCTCCCCCTTCATTTTTATTTTTTTTTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGGTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCg < 1:3516568/150‑1 (MQ=255) agaAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGctc > 2:4003217/1‑150 (MQ=255) agaAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGctc > 2:4003506/1‑150 (MQ=255) gaAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGctct < 2:2224766/150‑1 (MQ=255) gaAAGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGctct < 2:2514647/150‑1 (MQ=255) aaaGCGTCTCCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCtctctc > 2:1755238/1‑150 (MQ=255) ctcCCCCTTCATGTTTATGTTTTTGTAAAAATGTATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGggcgg < 1:4147041/150‑1 (MQ=255) ctcCCCCTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGggcgg > 1:1858233/1‑150 (MQ=255) ccTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCt < 1:4298113/150‑1 (MQ=255) ccTTCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCt < 1:4298107/150‑1 (MQ=255) ttCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCTGc > 2:2958983/1‑150 (MQ=255) ttCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCTGc > 1:2888705/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTAAGTTTTTGTAAAAATGAATTTGTTATCTCCTCCACTGACTACGCTTTAAGCCAGAGTCAATCCGGAGGCGTTATGCATCGACAATCCTTTTTCCTTGTGCCCCTTATTTGTCTTTCTTCCGCTCTCTGGGCGGCTCCTGCa > 2:2069616/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |