| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 923,560 | G→T | 10.1% | N364K (AAC→AAA) | cydC ← | fused glutathione, cysteine exporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP‑binding component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 923,560 | 0 | G | T | 10.1% | 813.2 / 42.5 | 230 | N364K (AAC→AAA) | cydC | fused glutathione, cysteine exporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP‑binding component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/112); new base T (12/12); total (106/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTAAGTCAGA > CP009273/923411‑923709 | tGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGTGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCg > 2:2671203/1‑150 (MQ=255) cGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCAGGCGttt < 1:1021314/150‑1 (MQ=255) gTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTa < 1:1263961/150‑1 (MQ=255) 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cTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGttttt > 1:26055/1‑150 (MQ=255) atGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATc < 1:1513220/150‑1 (MQ=255) tGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATcc < 2:794168/150‑1 (MQ=255) ccccGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTa < 2:569784/150‑1 (MQ=255) ccGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAATCGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTAAg < 2:65738/150‑1 (MQ=255) 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gTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTAAGTCaga > 1:1167236/1‑150 (MQ=255) gTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTACCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTAAGTCaga > 1:2084073/1‑150 (MQ=255) | TGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGCGAAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTAAGTCAGA > CP009273/923411‑923709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |