| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 92,294 | C→A | 10.5% | R386R (CGC→CGA) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 92,294 | 0 | C | A | 10.5% | 1052.8 / 64.3 | 301 | R386R (CGC→CGA) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/151); new base A (15/17); total (133/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCGTGTTAAGCGTGGGTAAACAAAGCCATGCTATCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAG > CP009273/92145‑92443 | gTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACcgc < 1:313590/150‑1 (MQ=255)gTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACcgc > 2:3355999/1‑150 (MQ=255) gTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGAAGCCTGCCATGTACAGGTGGGCGAGGCGGCAAAAGCTGCTGGTATTGACCGCgtgt < 1:3478708/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |