| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 976,873 | C→A | 13.0% | A124E (GCG→GAG) | ldtD → | murein L,D‑transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 976,873 | 0 | C | A | 13.0% | 777.7 / 65.7 | 239 | A124E (GCG→GAG) | ldtD | murein L,D‑transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/115); new base A (14/17); total (107/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CCGCACGCAAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCACTCGCT > CP009273/976724‑977022 | ccGCACGCAAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGc > 1:3198291/1‑150 (MQ=255) cgcacgcaAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCg < 1:1676764/150‑1 (MQ=255) cacgcaAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGAt < 1:4221720/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |