Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,037,576 | G→T | 5.0% | G697G (GGC→GGA) | etk ← | tyrosine‑protein kinase, role in O‑antigen capsule formation |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,037,576 | 0 | G | T | 5.0% | 826.6 / 15.8 | 217 | G697G (GGC→GGA) | etk | tyrosine‑protein kinase, role in O‑antigen capsule formation |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/93); new base T (4/7); total (117/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GAACTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATCGGCGGCG > CP009273/1037427‑1037724 | taaCTGTCTAATTCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAgcg < 2:4191303/149‑1 (MQ=255) gaaCTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAgcg < 2:4191946/150‑1 (MQ=255) aaCTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAgcgc > 1:1079543/1‑150 (MQ=255) cTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCt < 1:1661468/150‑1 (MQ=255) tGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCtt < 1:1424182/150‑1 (MQ=255) tAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAat < 2:2530452/150‑1 (MQ=255) tAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAat < 2:4484954/150‑1 (MQ=255) tAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAat > 1:2752378/1‑150 (MQ=255) tAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAat < 2:2530501/150‑1 (MQ=255) tGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATAtt > 1:70846/1‑150 (MQ=255) tGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCGTTAATAtt > 1:3954659/1‑150 (MQ=255) cGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGa < 2:3865062/150‑1 (MQ=255) cGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGa < 2:2988355/150‑1 (MQ=255) 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tCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACg > 2:2354218/1‑150 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACg > 2:2353918/1‑150 (MQ=255) cACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGGTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGc > 2:1909936/1‑150 (MQ=255) ccgcATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCa < 1:1041347/150‑1 (MQ=255) gcATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCAtt > 1:2721463/1‑150 (MQ=255) 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cacCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCg < 1:3618788/150‑1 (MQ=255) cacCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCg > 1:795160/1‑150 (MQ=255) acCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGc > 2:2070014/1‑150 (MQ=255) ccATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGcc > 1:4454892/1‑150 (MQ=255) cATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCa < 2:1416284/150‑1 (MQ=255) cATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCa > 1:1567759/1‑150 (MQ=255) ttGAGGATAGCGCCTTTAATATTGATGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGc < 1:3545803/150‑1 (MQ=255) ttGAGGATAGCGCCTTTAATATTGAGGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTGTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGc < 1:3547116/150‑1 (MQ=255) gAGGATAGCTCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCAt < 2:2149237/150‑1 (MQ=255) aGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATc > 2:918320/1‑150 (MQ=255) aGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATc > 1:3911001/1‑150 (MQ=255) cgcCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATCGgcggcg < 2:2988045/150‑1 (MQ=255) | GAACTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCACTTTCAGTTTTACTCTTTCTCGGAGTAACTATAACCGTAATAGTTATAGCCGTAACTGTAAGCGGTGCTGGCGCGTTTAATCACACCATTGAGGATAGCGCCTTTAATATTGACGCCTGCCTGTTCCAGACGCTGCATTGACAAACTCACCTCTTTGGCGGTGTTCAAGCCAAAACGCGCAACCAGCAGGCTGGTGCCAACAGAACGCCCCACGACCGCGGCATCACTCACCGCCAGCATCGGCGGCG > CP009273/1037427‑1037724 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |