| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,088,734 | G→T | 37.3% | V135F (GTT→TTT) | ycdT → | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,088,734 | 0 | G | T | 37.3% | 348.3 / 280.1 | 271 | V135F (GTT→TTT) | ycdT | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/88); new base T (50/51); total (132/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTG‑TTTTTGGGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACC > CP009273/1088587‑1088880 | tttACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTa > 2:4067334/1‑150 (MQ=255) tACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGt > 2:3937141/1‑150 (MQ=255) tACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGt > 2:2466166/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |