| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,154,905 | G→T | 46.9% | F701L (TTC→TTA) | fhuE ← | ferric‑rhodotorulic acid outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,154,905 | 0 | G | T | 46.9% | 139.2 / 308.3 | 230 | F701L (TTC→TTA) | fhuE | ferric‑rhodotorulic acid outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/64); new base T (58/49); total (117/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
AATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTAAC > CP009273/1154757‑1155054 | ccGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACa < 2:1848911/150‑1 (MQ=255) cGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGACTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTCTACGATAGAACCTACCACGTTGGTATCGTAGTTTATGTAGAACAg > 1:2628250/1‑150 (MQ=255) aaGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGtt < 2:2711920/150‑1 (MQ=255) aCGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTAtt < 1:2838246/150‑1 (MQ=255) gTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTCTTGa > 2:76025/1‑150 (MQ=255) gTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGa > 2:76005/1‑150 (MQ=255) gaCTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTcccc > 2:791085/1‑150 (MQ=255) aCTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCt < 1:895636/150‑1 (MQ=255) aCTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCt > 1:298327/1‑150 (MQ=255) cTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGGTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTGATTGACGTTCCCCTg > 1:655541/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTa > 2:3242602/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTa > 2:1337476/1‑150 (MQ=255) aGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTaa < 2:450280/150‑1 (MQ=255) aGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTaa < 2:450532/150‑1 (MQ=255) aGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTaa < 2:450793/150‑1 (MQ=255) aGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGATGAAATTACGCGGTGTGCCGTATACGATAGAACATTCCAAGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTAATGACGTTCCCCTGTaa > 1:3077397/1‑150 (MQ=255) ggCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAAc > 1:4058201/1‑150 (MQ=255) ggCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATAGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAAc < 1:122039/150‑1 (MQ=255) 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tACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTa < 1:4037585/150‑1 (MQ=255) aCAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAg > 1:4367284/1‑150 (MQ=255) ggTGTTATTCAGTATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAATTTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCgg < 2:4072967/150‑1 (MQ=255) gtgtTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCggg > 1:3281408/1‑150 (MQ=255) tATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGaa < 1:3319018/150‑1 (MQ=255) 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aTCGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACAcgcg < 2:3235379/150‑1 (MQ=255) cGTAGGTTTTGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGAt > 1:999993/1‑150 (MQ=255) cGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGAt > 1:1027501/1‑150 (MQ=255) gTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGAtt < 2:1755557/150‑1 (MQ=255) gTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTACCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGAtt < 2:1756531/150‑1 (MQ=255) aGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGAtttt < 2:254159/150‑1 (MQ=255) ttttGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGcc < 1:578797/150‑1 (MQ=255) ttGTCTAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAg > 1:2996186/1‑150 (MQ=255) tGTCGAACAGGTTATTGACATTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGt > 1:3807085/1‑150 (MQ=255) tCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTa > 2:3650297/1‑150 (MQ=255) gAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTAac > 1:1952242/1‑150 (MQ=255) gAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTAac > 1:746536/1‑150 (MQ=255) | AATCCGTAAGACGTTGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAACCTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGCGTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTAAC > CP009273/1154757‑1155054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |