Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,164,454 | G→A | 5.6% | intergenic (‑166/‑75) | ycfQ ← / → bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,164,454 | 0 | G | A | 5.6% | 937.6 / 29.5 | 266 | intergenic (‑166/‑75) | ycfQ/bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (150/101); new base A (11/4); total (161/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGA > CP009273/1164305‑1164602 | aCTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATc > 1:4213376/1‑150 (MQ=255) aCTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATc > 1:4212139/1‑150 (MQ=255) gaatgaaAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATc > 1:2080481/1‑150 (MQ=255) 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gATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCt > 2:871556/1‑150 (MQ=255) aGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGa > 1:405285/1‑150 (MQ=255) | GTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGA > CP009273/1164305‑1164602 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |