| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,172,212 | C→A | 46.4% | S46S (TCC→TCA) | lolD → | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,172,212 | 0 | C | A | 46.4% | 131.9 / 283.8 | 211 | S46S (TCC→TCA) | lolD | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/48); new base A (57/41); total (122/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCAGT > CP009273/1172064‑1172357 | ggCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCg > 2:208553/1‑150 (MQ=255) cTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGt < 1:1464917/150‑1 (MQ=255) cTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGt > 2:1258526/1‑150 (MQ=255) tttACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTa > 2:4482005/1‑150 (MQ=255) ttATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTa > 2:2572197/1‑150 (MQ=255) aTGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTAcc < 2:166593/150‑1 (MQ=255) tGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCt > 1:2043658/1‑150 (MQ=255) aaTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGTTTCCGTTAAAAGTACCTtg > 2:2916145/1‑150 (MQ=255) aaTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtg < 2:247155/150‑1 (MQ=255) aTAAGATCCTGTTGCAATGCGACCACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgc < 2:3068485/150‑1 (MQ=255) aTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtgc > 2:2005109/1‑150 (MQ=255) aaGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtgctg < 2:1143851/150‑1 (MQ=255) aaGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtgctg < 2:150476/150‑1 (MQ=255) aaGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtgctg < 2:151940/150‑1 (MQ=255) aGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtgctgc > 1:2261108/1‑150 (MQ=255) gATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCa > 1:2373786/1‑150 (MQ=255) gATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCa < 2:1269160/150‑1 (MQ=255) aTCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCAc < 2:710129/150‑1 (MQ=255) aTCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCAc > 1:400018/1‑150 (MQ=255) tCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCAcc > 1:2982761/1‑150 (MQ=255) tCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCAcc < 1:1842359/150‑1 (MQ=255) ccTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACct < 2:4023009/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACctg < 2:1821479/150‑1 (MQ=255) 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aaTGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGACGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTgggcg > 1:3705506/1‑150 (MQ=255) gCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTgggcgggc < 1:1116842/150‑1 (MQ=255) cGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCt > 2:2069908/1‑150 (MQ=255) gACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTg > 1:4287741/1‑150 (MQ=255) gACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTg > 2:3487589/1‑150 (MQ=255) aCAACCTGTGCACACGCGATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTgg < 1:187918/150‑1 (MQ=255) cAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGa > 2:1194008/1‑150 (MQ=255) aaCCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGAt < 1:3872327/150‑1 (MQ=255) cTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACg > 2:1793718/1‑150 (MQ=255) cTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACg > 2:4048007/1‑150 (MQ=255) 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tGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCa < 1:4401477/150‑1 (MQ=255) gTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCAGt < 2:525031/150‑1 (MQ=255) | GGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCAGT > CP009273/1172064‑1172357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |