| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,206,749 | A→T | 29.4% | intergenic (+114/‑120) | mcrA → / → icdC | putative 5‑methylcytosine/5‑hydroxymethylcytosine‑specific restriction nuclease; 5‑methylcytosine DNA binding protein; e14 prophage gene/pseudogene, isocitrate dehydrogenase C‑terminal gene fragment; idcC' is a 54 codon 3' gene fragment created during e14 prophage insertion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,206,749 | 0 | A | T | 29.4% | 100.5 / 58.1 | 68 | intergenic (+114/‑120) | mcrA/icdC | putative 5‑methylcytosine/5‑hydroxymethylcytosine‑specific restriction nuclease; 5‑methylcytosine DNA binding protein; e14 prophage gene/pseudogene, isocitrate dehydrogenase C‑terminal gene fragment; idcC' is a 54 codon 3' gene fragment created during e14 prophage insertion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/24); new base T (5/15); total (29/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
TTTACGTTAATATAAACCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTCAAAAACACATGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAG > CP009273/1206604‑1206896 | tttACGTTAATATAAACCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTc < 1:1192440/150‑1 (MQ=255) ttACGTTAATATAAACCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTCa > 1:109784/1‑150 (MQ=255) aaTATAAACCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAATACTCAAAAacac > 1:71567/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |