Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,211,169 | C→A | 92.3% | intergenic (‑238/‑76) | bluF ← / → ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,211,169 | 0 | C | A | 92.3% | 707.5 / 47.4 | 243 | intergenic (‑238/‑76) | bluF/ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/15); new base A (110/113); total (114/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCATA > CP009273/1211022‑1211317 | ttACGTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTac > 2:2639063/1‑150 (MQ=255) ttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTac < 2:45173/150‑1 (MQ=255) ttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTac < 2:339251/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |