| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,232,912 | 0 | G | T | 5.4% | 906.7 / 19.8 | 238 | intergenic (‑215/‑115) | ycgB/dadA | SpoVR family stationary phase protein/D‑amino acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/116); new base T (6/7); total (115/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TAAAAACCGCGTCGCCGGAGAATTTTTTTCTTTGCGATTTCTTATTATCAGAGTGCCACTAATCCGCTTCTGAACGGAATTTTATGCTGGATAAAAAGGGCGTTCAGCAGGAGATACTAAAGACGCCATATTGCCGCAGAGTCAGGGAGATGTGAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGG > CP009273/1232764‑1233061 | aaaaaCCGCGTCGCCGGAGAATTTTTTTCTTTGCGATTTCTTATTATCAGAGTGCCACTAATCCGCTTCTGAACGGAATTTTATGCTGGATAAAAAGGGCGTTCAGCAGGAGATACTAAAGACGCCATATTGCCGCAGAGTCAGGGAGAt < 2:3134376/150‑1 (MQ=255) aaaaaCCGCGTCGCCGGAGAATTTTTTTCTTTGCGATTTCTTATTATCAGAGTGCCACTAATCCGCTTCTGAACGGAATTTTATGCTGGATAAAAAGGGCGTTCAGCAGGAGATACTAAAGACGCCATATTGCCGCAGAGTCAGGGAGAt < 2:1021814/150‑1 (MQ=255) aCCGCGTCGCCGGAGAATTTTTTTCTTTGCGATTTCTTATTATCAGAGTGCCACTAATCCGCTTCTGAACGGAATTTTATGCTGGATAAAAAGGGCGTTCAGCAGGAGATACTAAAGACGCCATATTGCCGCAGAGTCAGGGATATGTGa < 2:2795383/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |