| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,287,881 | C→A | 8.6% | intergenic (+60/+84) | galU → / ← hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,287,881 | 0 | C | A | 8.6% | 860.3 / 38.1 | 249 | intergenic (+60/+84) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/130); new base A (9/13); total (106/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAG > CP009273/1287732‑1288029 | ggCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGctt > 1:3169355/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGctt > 1:889052/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGctt < 2:3328299/150‑1 (MQ=255) 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aaTACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTaa < 1:3321508/150‑1 (MQ=255) aaTACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGATTATTTTTATTaa < 2:2226587/150‑1 (MQ=255) tACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAAt < 2:584546/150‑1 (MQ=255) gTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAAc > 1:4255808/1‑150 (MQ=255) cATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTTAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCg > 1:2791435/1‑150 (MQ=255) aaCACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGAc > 1:1344790/1‑150 (MQ=255) acacCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTTAAAGATTATTATTATTAATTTGTATTAAACCGGaa > 2:2054747/1‑149 (MQ=255) acCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAAt > 1:2825672/1‑150 (MQ=255) acCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAAt > 2:3990452/1‑150 (MQ=255) acCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAAt > 1:3432871/1‑150 (MQ=255) 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aGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTTGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATAGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTaaa > 2:2775353/1‑148 (MQ=255) gCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAg > 2:1862739/1‑150 (MQ=255) | CAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCG‑TTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAG > CP009273/1287732‑1288029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |