| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,441,854 | C→A | 52.1% | R27S (CGT→AGT) | feaB → | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,441,854 | 0 | C | A | 52.1% | 74.6 / inf | 295 | R27S (CGT→AGT) | feaB | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/65); new base A (97/57); total (173/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GAAAAAAGTGACTTTTCTTGTCGCTGCGTACACTGAAATCACACTGGGTAAATAATAAGGAAAAGTGATGACAGAGCCGCATGTAGCAGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGATCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTCGTCCTGGCCCCGCACAAAGTGAAAAACGGTTGGCGATCTTTGATCCGGCCACCGGGCAAGAAATTGCGTCTACTGCTGATGCCAACGAAGCGGATGTAGATAACGCAGTCATGTCTGCCTGGCGGGCCTTTGTCTCGCGTCGCTGGGCC > CP009273/1441709‑1442003 | aaaaaaGTGACTTTTCTTGTCGCTGCGTACACTGAAATCACACTGGGTAAATAATAAGGAAAAGTGATGACAGAGCTGCATGTAGCAGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGAGCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTCGTCCt > 2:243602/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGTGACTTTTCTTGTCGCTGCGTACACTGAAATCACACTGGGTAAATAATAAGGAAAAGTGATGACAGAGCCGCATGTAGCAGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGATCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTAGTCCt < 1:1917862/150‑1 (MQ=255) aaGTGACTTTTCTTGTCGCTGCGTACACTGAAATCACACTGGGTAAATAATAAGGAAAAGTGATGACAGAGCCGCATGTAGCAGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGATCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTCGTCCTGGcc > 1:2950089/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |