Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,489,197 | C→T | 52.3% | K44K (AAG→AAA) | ydcI ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,489,197 | 0 | C | T | 52.3% | 22.1 / 294.0 | 186 | K44K (AAG→AAA) | ydcI | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/45); new base T (45/52); total (88/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGA > CP009273/1489048‑1489346 | cGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTc < 2:2047726/150‑1 (MQ=255) cGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTc < 2:204746/150‑1 (MQ=255) cGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTc < 2:204206/150‑1 (MQ=255) 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cTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGa > 1:3498090/1‑150 (MQ=255) cTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGa > 1:502255/1‑150 (MQ=255) | CGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGA > CP009273/1489048‑1489346 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |