Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,575,339 | G→T | 93.7% | F481L (TTC→TTA) | ydeN ← | putative Ser‑type periplasmic non‑aryl sulfatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,575,339 | 0 | G | T | 93.7% | 876.4 / 46.0 | 286 | F481L (TTC→TTA) | ydeN | putative Ser‑type periplasmic non‑aryl sulfatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/12); new base T (146/122); total (152/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.24e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGAGAATTGGCTTAAGTCCTCAGTGTTGGGGTTATGCGGGTAATCGTCTGACTGATGGCGAACAAATTTGTGGTAATTATCCCAGAATGGAATATTTTCCTCGTCAAACCAGTGAGAATAAGAGGTTATCCAGGTCAGATTTTTATGTGG > CP009273/1575191‑1575485 | ttACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAgaga > 1:2255330/1‑150 (MQ=255) cccACGCCTTGCATCTCTTTACAGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGATAAt < 1:1946595/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGATAAt < 2:2770276/145‑1 (MQ=255) gCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGATAAt < 2:2350284/145‑1 (MQ=255) gCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGATAAt > 1:2770276/1‑145 (MQ=255) cTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGATAATTGGCTTa < 1:1801584/150‑1 (MQ=255) cTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGAGAATTGGCTTa < 2:2435877/150‑1 (MQ=255) ttGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGATAATTGGCTTaa > 1:1091236/1‑150 (MQ=255) aTCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGATAATTGGCTTAAGTcc < 1:4321215/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |