| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,602,131 | G→T | 15.5% | D177Y (GAT→TAT) | tam → | trans‑aconitate methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,602,131 | 0 | G | T | 15.5% | 891.2 / 99.7 | 284 | D177Y (GAT→TAT) | tam | trans‑aconitate methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/130); new base T (16/28); total (126/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATGCTGGA > CP009273/1601983‑1602279 | aGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGa > 1:3416131/1‑150 (MQ=255)aGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGa > 2:4140156/1‑150 (MQ=255) gTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGat > 2:2945574/1‑150 (MQ=255) gTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGat < 1:3529437/150‑1 (MQ=255) aGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGTGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCt > 2:4395265/1‑150 (MQ=255) aTGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTgg > 2:2585894/1‑150 (MQ=255) tGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGc < 2:1200776/150‑1 (MQ=255) gCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCg > 1:1821051/1‑150 (MQ=255) ccAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGa > 2:3380461/1‑150 (MQ=255) ccAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGa < 1:4499185/150‑1 (MQ=255) aTAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAacca > 1:2045300/1‑150 (MQ=255) aaCTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAaccacc < 1:2205198/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAaccacc > 2:4270714/1‑150 (MQ=255) tggctggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACctac < 1:4188964/150‑1 (MQ=255) tggctggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACctac > 1:3060679/1‑150 (MQ=255) ctggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACctactct > 2:4179422/1‑148 (MQ=255) ctggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTAt > 1:2896384/1‑150 (MQ=255) ctggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTAt > 1:3511183/1‑150 (MQ=255) 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tacGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAAcagcag < 2:3542378/150‑1 (MQ=255) tacGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAAcagcag < 2:1470385/150‑1 (MQ=255) atatTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCttt < 2:3219130/150‑1 (MQ=255) tatTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCtttt < 1:2103673/150‑1 (MQ=255) tatTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCtttt < 2:1279399/150‑1 (MQ=255) ttttGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTc > 1:1613666/1‑150 (MQ=255) gAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTaa > 1:1119936/1‑150 (MQ=255) gAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTaa < 1:2945572/150‑1 (MQ=255) gCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAgc < 2:1868988/150‑1 (MQ=255) gCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAgc < 1:590262/150‑1 (MQ=255) gAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCga < 2:1550137/122‑1 (MQ=255) gAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAgcgc > 1:1361202/1‑150 (MQ=255) gCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTAc < 2:3029382/150‑1 (MQ=255) ccGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTAcc < 2:3796460/150‑1 (MQ=255) ggATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCAt > 2:514531/1‑150 (MQ=255) gATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATc < 2:3259529/150‑1 (MQ=255) cGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATGCTGGa < 1:3903731/150‑1 (MQ=255) | AGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATGCTGGA > CP009273/1601983‑1602279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |