| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,608,982 | C→A | 5.5% | intergenic (‑22/‑79) | sad ← / → yneJ | succinate semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)+‑dependent/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,608,982 | 0 | C | A | 5.5% | 960.4 / 21.7 | 254 | intergenic (‑22/‑79) | sad/yneJ | succinate semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)+‑dependent/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/143); new base A (8/6); total (105/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CGAAAGCCTGCTGCCGCCAGCTGAAGTGCGTTTTCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAA > CP009273/1608833‑1609131 | aaaGCCTGCTGCCGCCAGCTGAAGTGCGTTTTCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCAt < 1:4185540/150‑1 (MQ=255) aaaGCCTGCTGCCGCCAGCTGAAGTGCGTTTTCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCAt < 1:4185490/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCCGCCAGCTGAAGTGCGTTTTCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGACAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTAATGGt < 2:1041118/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |