| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,629,460 | T→G | 10.2% | A215A (GCA→GCC) | stfQ ← | Qin prophage; putative side tail fiber assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,629,460 | 0 | T | G | 10.2% | 760.8 / 82.7 | 285 | A215A (GCA→GCC) | stfQ | Qin prophage; putative side tail fiber assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/120); new base G (16/13); total (152/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GACAGCGAGTGGGTATGAGCACCATCTGATGATGTCTTCCCTGCATTACGAGTCTGGCCACTACCGCTTGTTGTGCTCATAATCCCCGCGCTTAGATTTGAAATCGCGGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGG > CP009273/1629311‑1629608 | gCGAGTGGGTATGATCACCATCTGATGATGTCTTCCCTGCATTACGAGTCTGGCCACTACCGCTAGTTGTGCTCATAATCCCCGCGCTTAGATTTGAAATCGCGGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGAAc > 2:3016986/1‑150 (MQ=255) tGGGTATGAGCACCATCTGATGATGTCTTCCCTGCATTACGAGTCTGGCCACTACCGCTTGTTGTGCTCATAATCCCCGCGCTTAGATTTGAAATCGCGGTATAACCAGTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGaa > 1:2870167/1‑150 (MQ=255) gggTATGAGCACCATCTGATGATGTCTTCCCTGCATTACGAGTCTGGCCACTACCGCTTGTTGTGCTCATAATCCCCGCGCTTAGATTTGAAATCGCGGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAAGGCACCGGAAc < 2:2686722/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |