Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,677,054 | G→T | 12.1% | L213L (CTG→CTT) | rstA → | response regulator of RstAB two‑component system, low Mg‑responsive via PhoQP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,677,054 | 0 | G | T | 12.1% | 822.5 / 60.4 | 245 | L213L (CTG→CTT) | rstA | response regulator of RstAB two‑component system, low Mg‑responsive via PhoQP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/103); new base T (20/10); total (132/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CAGCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTG > CP009273/1676906‑1677201 | aGCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCt < 2:3180486/150‑1 (MQ=255) aGCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCt > 2:3797273/1‑150 (MQ=255) gCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTc < 2:3000887/150‑1 (MQ=255) gCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTc > 2:4040741/1‑150 (MQ=255) gCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTc < 2:3786326/150‑1 (MQ=255) gCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTc < 2:719688/150‑1 (MQ=255) tGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGa < 1:2669598/150‑1 (MQ=255) aTTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATa > 2:4370493/1‑150 (MQ=255) 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aaCTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGGTTGTCTGCTTCCTTGTGATGtctc > 1:1021786/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTctg > 2:2773145/1‑150 (MQ=255) | CAGCTGATTTCGAATTATTGTGGGAATTAGCTACCCATGCCGGGCAAATCATGGACCGCGATGCATTGCTGAAAAATTTACGCGGCGTCAGTTATGACGGACTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTG > CP009273/1676906‑1677201 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |