| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,777,451 | C→A | 74.3% | A55E (GCG→GAG) | fadK → | short chain acyl‑CoA synthetase, anaerobic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,777,451 | 0 | C | A | 74.3% | 470.6 / 267.3 | 311 | A55E (GCG→GAG) | fadK | short chain acyl‑CoA synthetase, anaerobic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/47); new base A (76/155); total (109/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTG > CP009273/1777306‑1777596 | tttAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTc < 2:583757/150‑1 (MQ=255) tAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGa < 2:4025252/150‑1 (MQ=255) aaCGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGAt > 1:2248044/1‑150 (MQ=255) 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cGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTg > 2:526316/1‑150 (MQ=255) cGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTg > 2:1850633/1‑150 (MQ=255) tACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCa < 2:3957911/150‑1 (MQ=255) acacCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAg > 1:3657590/1‑150 (MQ=255) cacCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGt < 1:1549678/150‑1 (MQ=255) cacCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGt < 1:1549632/150‑1 (MQ=255) cacCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGt < 1:1094550/150‑1 (MQ=255) acCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGtt < 2:4290248/150‑1 (MQ=255) ccTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGttt < 1:3988978/150‑1 (MQ=255) cTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTc > 2:1457027/1‑150 (MQ=255) ataGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCg < 1:3233825/150‑1 (MQ=255) ataGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCg > 2:4307133/1‑150 (MQ=255) | TTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTG > CP009273/1777306‑1777596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |