| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 134,028 | G→T | 70.5% | A153A (GCG→GCT) | cueO → | multicopper oxidase (laccase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 134,028 | 0 | G | T | 70.5% | 291.1 / 273.6 | 272 | A153A (GCG→GCT) | cueO | multicopper oxidase (laccase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/39); new base T (89/103); total (130/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GGCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGAT > CP009273/133880‑134177 | cTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATg > 2:1710013/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATg < 1:4086959/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATg > 2:3008757/1‑150 (MQ=255) tGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATgg > 2:3745528/1‑150 (MQ=255) ggAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATggg < 2:2813515/150‑1 (MQ=255) gTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCATGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGggctg < 1:3102293/150‑1 (MQ=255) gTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGggctg < 1:323293/150‑1 (MQ=255) cGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGgctggctg < 2:1142719/150‑1 (MQ=255) cGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGgctggctg > 2:2564510/1‑150 (MQ=255) aaGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGgctgggctgg < 2:406908/150‑1 (MQ=255) gTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCtggtg > 2:138458/1‑150 (MQ=255) tCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCtggtgg < 2:2757019/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGa < 1:3129514/150‑1 (MQ=255) cggcggCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGAt < 1:817495/150‑1 (MQ=255) ggcggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGAtt > 1:3539022/1‑150 (MQ=255) cggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGa > 1:4347906/1‑150 (MQ=255) ggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGaa > 2:2599262/1‑150 (MQ=255) ccGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGAt < 1:1921294/150‑1 (MQ=255) cGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATg < 2:3411493/150‑1 (MQ=255) cGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATg > 2:2362063/1‑150 (MQ=255) gCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGa > 1:2976183/1‑150 (MQ=255) aGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACg > 1:3227035/1‑150 (MQ=255) aaTTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGAt < 2:233166/150‑1 (MQ=255) ttattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATcc > 1:628846/1‑150 (MQ=255) ttattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATcc < 2:197989/150‑1 (MQ=255) ttattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGGTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATcc < 2:3063743/150‑1 (MQ=255) tattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTACATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCt < 2:2532618/150‑1 (MQ=255) attCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTg > 1:3765280/1‑150 (MQ=255) attCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTg > 2:1667963/1‑150 (MQ=255) tCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGaa < 2:1557759/150‑1 (MQ=255) cGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAAt < 1:4216053/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAAtt > 1:1124857/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTaa < 1:1814942/150‑1 (MQ=255) 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aGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTCATGCTGCCaa > 1:2475669/1‑150 (MQ=255) gcTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAAc < 1:4521029/150‑1 (MQ=255) tCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTTAAATTAATGCTGCCAAAACAg > 2:2587477/1‑150 (MQ=255) ggTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTg > 2:1511181/1‑150 (MQ=255) ggTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATAGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTg > 2:2672918/1‑150 (MQ=255) 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gttgaTCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGTGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCgatgat > 1:3703885/1‑150 (MQ=255) ttgaTCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGatgatg < 2:3520577/150‑1 (MQ=255) ttgaTCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGatgatg > 1:2914860/1‑150 (MQ=255) gaTCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGtt > 2:4148704/1‑150 (MQ=255) gaTCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGtt < 2:1849894/150‑1 (MQ=255) gaTCAACCTGCCGCTACCTGCTGGCTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGtt > 2:4148924/1‑150 (MQ=255) aTCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTc < 2:403364/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTcc < 2:1650557/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTcc < 1:3150249/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTcc < 2:435433/150‑1 (MQ=255) 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ctgGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATaa > 1:2635609/1‑150 (MQ=255) aTCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTa > 1:921546/1‑150 (MQ=255) gCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAgcgc > 1:4179197/1‑150 (MQ=255) gCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAgcgc > 1:4179009/1‑150 (MQ=255) aTCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCg > 1:180264/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |