| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,832,413 | C→A | 92.8% | L315L (CTC→CTA) | ynjC → | inner membrane putative ABC superfamily transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,832,413 | 0 | C | A | 92.8% | 644.6 / 40.7 | 224 | L315L (CTC→CTA) | ynjC | inner membrane putative ABC superfamily transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/8); new base A (117/91); total (125/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTA > CP009273/1832266‑1832559 | tATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaat > 1:2204571/1‑150 (MQ=255)tATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGCCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGCTGTGCTGTGGGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaat > 1:4443177/1‑150 (MQ=255) aTTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaatc < 2:1867635/150‑1 (MQ=255) ttCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaatca < 2:4356855/150‑1 (MQ=255) ccccGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAAc < 2:2113881/150‑1 (MQ=255) ccccGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAAc < 2:3626359/150‑1 (MQ=255) gTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTg < 2:3359366/150‑1 (MQ=255) tAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGa > 1:2974439/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACa < 2:957990/150‑1 (MQ=255) gATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACa < 1:4114093/150‑1 (MQ=255) gATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACa > 1:431582/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACa < 1:1861847/150‑1 (MQ=255) ttCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGc < 1:3981850/150‑1 (MQ=255) tCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCt < 2:263861/150‑1 (MQ=255) tCGCAAGACTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAAGACGCTGGCGATTTTTTTACCCATACCCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGCCGATCAATAGTGAAGCTCTAATCAACAGCCTGACATTggggat < 2:3635099/150‑3 (MQ=255) gCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCtgg > 2:481754/1‑150 (MQ=255) aaGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCtggtg > 1:2167000/1‑150 (MQ=255) aaGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCtggtg > 1:1250564/1‑150 (MQ=255) 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ttGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTg > 2:1065309/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTg < 1:2660618/150‑1 (MQ=255) gggCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCt > 1:3317594/1‑150 (MQ=255) cAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGtt > 2:1637849/1‑150 (MQ=255) aTACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTAc < 2:2311242/150‑1 (MQ=255) aTACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTAc > 2:1960220/1‑150 (MQ=255) cGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTActgc < 1:687925/150‑1 (MQ=255) cGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTATGCTCCTGTTActgc > 2:3690402/1‑150 (MQ=255) cGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCGTTGCTCCTGTTActgc > 2:3690422/1‑150 (MQ=255) tGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCtgt > 2:3630548/1‑150 (MQ=255) 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gaTCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCaat < 1:3140519/150‑3 (MQ=255) cAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtggt > 1:2404153/1‑150 (MQ=255) aaTAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtggtg > 1:2004808/1‑150 (MQ=255) tAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGc > 1:15800/1‑150 (MQ=255) gTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCgg < 1:2350060/150‑1 (MQ=255) 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gcTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTa < 2:4445395/150‑1 (MQ=255) gcTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTCTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTa < 2:2207003/150‑1 (MQ=255) | TATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTA > CP009273/1832266‑1832559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |