| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,065,158 | 0 | T | A | 12.1% | 747.0 / 73.9 | 246 | S47T (TCA→ACA) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (93/123); new base A (11/19); total (104/142) | |||||||||||
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Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GGAAAAGCTGATGAAACGACATCTGAATACCTGCTACAGGCTGGTATGGAATCACATGACGGGCGCTTTCGTGGTTGCCTCCGAACTGGCCCGCGCACGGGGTAAACGTGGCGGTGTGGCGGTTGCACTGTCTCTTGCCGCAGTCACGTCACTCCCGGTGCTGGCTGCTGACATCGTTGTGCACCCGGGAGAAACCGTGAACGGCGGAACACTGGCAAATCATGACAACCAGATTGTCTTCGGTACGACCAACGGAATGACCATCAGTACCGGGCTGGAGTATGGGCCGGATAACGAG > CP009273/2065010‑2065307 | aaaaGCTGATGAAACGACATCTGAATACCTGCTACAGGCTGGTATGGAATCACATGACGGGCGCTTTCGTGGTTGCCTCCGAACTGGCCCGCGCACGGGGTAAACGTGGCGGTGTGGCGGTTGCACTGTCTCTTGCCGCAgtcacgtcac > 2:269148/1‑150 (MQ=255) aaGCTGATGAAACGACATCTGAATACCTGCTACAGGCTGGTATGGAATCACATGACGGGCGCTTTCGTGGTTGCCTCCGAACTGGCCCGCGCACGGGGTAAACGTGGCGGTGTGGCGGTTGCACTGTCTCTTGCCGCAGTCACGTCACTc > 1:1714654/1‑150 (MQ=255) aGCTGATGAAACGACATCTGAATACCTGCTACAGGCTGGTATGGAATCACATGACGGGCGCTTTCGTGGTTGCCTCCGAACTGGCCCGCGCACGGGGTAAACGTGGCGGTGTGGCGGTTGCACTGTCTCTTGCCGCAGTCACGTCACTcc < 1:3942105/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |