| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,113,761 | C→A | 5.2% | E425D (GAG→GAT) | wcaJ ← | colanic biosynthesis UDP‑glucose lipid carrier transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,113,761 | 0 | C | A | 5.2% | 1020.7 / 20.7 | 269 | E425D (GAG→GAT) | wcaJ | colanic biosynthesis UDP‑glucose lipid carrier transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (157/98); new base A (3/11); total (160/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CGCTGATGGTTTTTTCACGTAAGCTCATATCAATATGCCGCTTTGTTAACGAAACCTTTGAACACCGTCAGGAAAACGATTTTGATATCGAACCAGACGCTCCATTCGCGGATGTACTCAAGGTCGAACTCGACGCGTTTTTCCATTTTCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACTGCGTGCGGACGTGGACCGACAATCG > CP009273/2113612‑2113909 | gcTGATGGTTTTTTCACGTAAGCTCATATCAATATGCCGCTTTGTTAACGAAACCTTTGAACACCGTCAGGAAAACGATTTTGATATCGAACCAGACGCTCCATTCGCGGATGTACTCAAGGTCGAACTCGACGCGTTTTTCCATTTtct > 1:1612763/1‑150 (MQ=255) gcTGATGGTTTTTTCACGTAAGCTCATATCAATATGCCGCTTTGTTAACGAAACCTTTGAACACCGTCAGGAAAACGATTTTGATATCGAACCAGACGCTCCATTCGCGGATGTACTCAAGGTCGAACTCGACGCGTTTTTCCATTTtct > 1:1612827/1‑150 (MQ=255) gcTGATGGTTTTTTCACGTAAGCTCATATCAATATGCCGCTTTGTTAACGAAACCTTTGAACACCGTCAGGAAAACGATTTTGATATCGAACCAGACGCTCCATTCGCGGATGTACTCAAGGTCGAACTCGACGCGTTTTTCCATTTtct > 1:1613067/1‑150 (MQ=255) 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tCGAACTCGACGCGTTTTTCCATTTTCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACt < 1:1520129/150‑1 (MQ=255) cGAACTCGACGCGTTTTTCCATTTTATCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACtg < 2:1180403/150‑1 (MQ=255) aaCTCGACGCGTTTTTCCATTTTCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACtgcg < 1:1760716/150‑1 (MQ=255) cTCGACGCGTTTTTCCATTTTCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACtgcgtg > 1:3313813/1‑150 (MQ=255) cgcgTTTTTCCATTTTCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACTGCGTGCGGAc < 2:61221/150‑1 (MQ=255) 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ccATTTTCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACTGCGTGCGGACGTGGACCGa > 1:2190190/1‑150 (MQ=255) tttCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATTGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATAATGTTCGTTATGCGCTACTGCGTGCGGACGTGGACCGACAAt > 1:412535/1‑150 (MQ=255) | CGCTGATGGTTTTTTCACGTAAGCTCATATCAATATGCCGCTTTGTTAACGAAACCTTTGAACACCGTCAGGAAAACGATTTTGATATCGAACCAGACGCTCCATTCGCGGATGTACTCAAGGTCGAACTCGACGCGTTTTTCCATTTTCTCCAGCGTGTCGGTTTCGCCGCGCCAGCCGTTAATCTGCGCCCAGCCGGTAATGCCCGGTTTCACCTTATGGCGCAGCATGTAGCCTTCAATGAGCTGTCGATACTGTTCGTTATGCGCTACTGCGTGCGGACGTGGACCGACAATCG > CP009273/2113612‑2113909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |