| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,131,206 | C→T | 9.5% | intergenic (‑482/‑177) | wza ← / → yegH | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,131,206 | 0 | C | T | 9.5% | 1011.0 / 71.3 | 315 | intergenic (‑482/‑177) | wza/yegH | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/170); new base T (24/6); total (139/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
AATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTTAATTCAGGGATAATGTGAGGTTATTACCCTCAAATAATATGAGATAAATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGT > CP009273/2131057‑2131354 | aataatGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCcac > 2:733996/1‑150 (MQ=255)aataatGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCcac > 1:2311577/1‑150 (MQ=255) taatGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACAt > 1:4115830/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |