Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,189,071 | A→T | 7.2% | E431D (GAA→GAT) | metG → | methionyl‑tRNA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,189,071 | 0 | A | T | 7.2% | 763.9 / 35.9 | 237 | E431D (GAA→GAT) | metG | methionyl‑tRNA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/113); new base T (4/13); total (111/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGG > CP009273/2188922‑2189220 | tgAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAg > 2:722849/1‑150 (MQ=255) gAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGc < 1:1206681/150‑1 (MQ=255) cGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGa > 2:3746350/1‑150 (MQ=255) atatCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGaaa > 1:4351817/1‑150 (MQ=255) tatCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAg < 1:2878070/150‑1 (MQ=255) tatCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAg < 1:2878005/150‑1 (MQ=255) tCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGcc < 2:1463039/150‑1 (MQ=255) cGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGAGTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCg > 2:2919942/1‑150 (MQ=255) 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cAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAAtt > 1:1287947/1‑150 (MQ=255) cAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAAtt > 1:1287503/1‑150 (MQ=255) cAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAAtt > 1:3262706/1‑150 (MQ=255) aGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTgg < 1:1902181/150‑1 (MQ=255) tGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGATGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTa < 2:1775111/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGcc > 1:2444546/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGATGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGt > 2:3811240/1‑150 (MQ=255) cTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGAGTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTg > 1:3056274/1‑150 (MQ=255) cTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGa > 1:1186912/1‑150 (MQ=255) tCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCACGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGaa > 1:3701461/1‑150 (MQ=255) 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cGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGgcgc > 2:1587849/1‑150 (MQ=255) gCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCgctgg < 2:4405743/150‑1 (MQ=255) ctatATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGCATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCgctggc > 1:3564654/4‑150 (MQ=255) cTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCgctggc > 2:1244217/1‑150 (MQ=255) tATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGa < 1:4525897/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |