Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,195,449 | A→T | 100% | E564D (GAA→GAT) | yehI → | DUF4132 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,195,449 | 0 | A | T | 95.4% | 949.2 / 23.1 | 281 | E564D (GAA→GAT) | yehI | DUF4132 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/6); new base T (141/126); total (149/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TGCACGCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTATTTTCTC > CP009273/2195305‑2195593 | tgcACGCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGa < 2:1182042/150‑1 (MQ=255) cGCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAac > 1:314722/1‑150 (MQ=255) cGCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAac > 1:3638874/1‑150 (MQ=255) cGCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAac > 1:2548878/1‑150 (MQ=255) gCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAact < 1:3341709/150‑1 (MQ=255) cAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAacta > 1:4200981/1‑150 (MQ=255) cAATTCACTCTTTGTTCAGAGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAacta > 1:3830689/1‑150 (MQ=255) aaTTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAactac > 1:4102261/1‑150 (MQ=255) aTTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAactact > 1:2669516/1‑150 (MQ=255) cACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTcac < 1:1296318/150‑1 (MQ=255) ctctTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACAt < 1:4132373/150‑1 (MQ=255) tttGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTAt < 1:2786211/150‑1 (MQ=255) tttGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTAt < 1:2785041/150‑1 (MQ=255) gTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGt < 2:3193121/150‑1 (MQ=255) tCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTcc > 1:1661765/1‑150 (MQ=255) cAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCg < 1:3825587/150‑1 (MQ=255) gTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGa < 2:2075679/150‑1 (MQ=255) tGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGaa > 2:4528656/1‑150 (MQ=255) 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ctacCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAgtgt > 1:2290550/1‑150 (MQ=255) acCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCt < 2:2216085/150‑1 (MQ=255) acCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATAGGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCt < 1:1016046/150‑1 (MQ=255) cAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTgg > 2:3066226/1‑150 (MQ=255) ggggCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACCTATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGaa < 2:3323180/150‑1 (MQ=255) gggCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAAc < 1:1334860/150‑1 (MQ=255) cGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAAccag > 2:2360183/1‑148 (MQ=255) cGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTg < 1:330398/150‑1 (MQ=255) cGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTg < 2:4355296/150‑1 (MQ=255) ggTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGta < 1:1437148/150‑1 (MQ=255) 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aaGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCTTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGtatttat > 2:3625306/1‑150 (MQ=255) agagATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGtatttatt < 1:4491780/150‑1 (MQ=255) aTCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGca < 2:4153562/150‑1 (MQ=255) tCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGcac < 1:3904657/150‑1 (MQ=255) ccTGAATGGCAGGAACTCCCCGGAAGCACAAATAGCAGAAAAGGAGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATAAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTTGaaca > 2:399002/1‑150 (MQ=255) 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taattaaCATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAgg > 2:1169344/1‑150 (MQ=255) aattaaCATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGa < 2:925620/150‑1 (MQ=255) attaaCATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGAc > 2:2657336/1‑150 (MQ=255) aCATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTAtt > 2:582531/1‑150 (MQ=255) cATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTAttt > 2:2084840/1‑150 (MQ=255) cATATGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTAttt > 2:2085530/1‑150 (MQ=255) atatGGGATAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTAtttt > 2:4024668/1‑150 (MQ=255) | TGCACGCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTATTTTCTC > CP009273/2195305‑2195593 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |