| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,216,446 | G→T | 10.5% | A261A (GCG→GCT) | dld → | D‑lactate dehydrogenase, FAD‑binding, NADH independent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,216,446 | 0 | G | T | 10.5% | 935.3 / 57.7 | 267 | A261A (GCG→GCT) | dld | D‑lactate dehydrogenase, FAD‑binding, NADH independent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (92/147); new base T (18/10); total (110/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
AAAGATGACGATGTGCGTCACGATGGTCGTCACGCCCACGATTATGACTATGTCCACCGCGTTCGTGATATTGAAGCCGACACGCCCGCACGTTATAACGCCGATCCTGATCGGTTATTTGAATCTTCTGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTGCCGGTTGCCGGGGAATATATGCA > CP009273/2216297‑2216595 | aaaGATGACGATGTGCGTCACGATGGTCGTCACGCCCACGATTATGACTATGTCCACCGCGTTCGTGATATTGAAGCCGACACGCCCGCACGTTATAACGCCGATCCTGATCGGTTATTTGAATCTTCTGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCg < 1:1237804/150‑1 (MQ=255) gATGACGATGTGCGTCACGATGGTCGTCACGCCCACGATTATGACTATGTCCACCGCGTTCGTGATATTGAAGCCGACACGCCCGCACGTTATAACGCCGATCCTGATCGGTTATTTGAATCTTCTGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCGGTc > 1:2313054/1‑150 (MQ=255) aTGACGATGTGCGTCACGATGGTCGTCACGCCCACGATTATGACTATGTCCACCGCGTTCGTGATATTGAAGCCGACACGCCCGCACGTTATAACGCCGATCCTGATCGGTTATTTGAATCTTCTGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCGGTCt > 1:38380/1‑150 (MQ=255) 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tcttctGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAAt < 2:1173023/150‑1 (MQ=255) ttctGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCt < 2:4351946/150‑1 (MQ=255) ttctGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCt < 1:4412128/150‑1 (MQ=255) tctGGTTGCGCCGGGAAGCTGGCTGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTg < 2:4450396/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGGGAAGCTGGCTGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTGCCgg > 2:1455128/1‑150 (MQ=255) 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gcgcCGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTGCCGGTTg < 2:4064660/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTGCCGGTTg < 1:2462430/150‑1 (MQ=255) cgcCGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTGCCGGTTGc > 2:359527/1‑150 (MQ=255) cGGGAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTGCCGGTTGCCgg > 1:4354470/1‑150 (MQ=255) gggAAGCTGGCGGTCTTTGCAGTACGTCTTGATACCTTCGAAGCGGAAAAAAATCAGCAGGTGTTTTATATCGGCACCAACCAGCCGGAAGTGCTGACCGAAATCCGCCGTCATATTCTGGCTAACTTCGAAAATCTGCCGGTTGCCggg > 1:107794/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |