| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,238,975 | T→A | 5.8% | Q425L (CAA→CTA) | cirA ← | colicin IA outer membrane receptor and translocator; ferric iron‑catecholate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,238,975 | 0 | T | A | 5.8% | 742.0 / 26.0 | 223 | Q425L (CAA→CTA) | cirA | colicin IA outer membrane receptor and translocator; ferric iron‑catecholate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/94); new base A (10/3); total (126/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CGCTGGATTCAACCCCTTCCAGCCAGCCTTCTTCACCCATGTAGTAAAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGC > CP009273/2238826‑2239124 | cGCTGGATTCAACCCCTTCCAGCCAGCCTTCTTCACCCATGTAGTAAAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGtt > 2:4089975/1‑150 (MQ=255)cGCTGGATTCAACCCCTTCCAGCCAGCCTTCTTCACCCATGTAGTAAAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGtt < 1:4358158/150‑1 (MQ=255) tGGATTCAACCCCTTCCAGCCAGCCTTCTTCACCCATGTAGTAAAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCa > 2:2008588/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |