Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 162,905 | G→T | 37.9% | V563V (GTG→GTT) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 162,905 | 0 | G | T | 37.9% | 323.3 / 233.6 | 234 | V563V (GTG→GTT) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/81); new base T (51/38); total (115/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTGGG > CP009273/162756‑163051 | aGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTAt > 1:1946760/1‑150 (MQ=255) cGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGc > 1:2394389/1‑150 (MQ=255) gACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCt > 2:3956211/1‑150 (MQ=255) gACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCt > 2:3836000/1‑150 (MQ=255) cTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtgg < 1:3429576/150‑1 (MQ=255) ttATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggt < 2:855033/150‑1 (MQ=255) ttATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggt < 2:854929/150‑1 (MQ=255) aTCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCtggtgg < 2:4154921/150‑1 (MQ=255) aTCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggtgg < 2:848907/150‑1 (MQ=255) cTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGAt > 2:2641298/1‑150 (MQ=255) tGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATg < 1:4483180/150‑1 (MQ=255) tGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATg < 1:77424/150‑1 (MQ=255) aCGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCg > 2:3777034/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAAc > 2:1340758/1‑150 (MQ=255) aaaTCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACg > 1:57059/1‑150 (MQ=255) aTCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg > 2:970372/1‑150 (MQ=255) tATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCg < 1:3533941/150‑1 (MQ=255) aTCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGa < 2:1921325/150‑1 (MQ=255) 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agagTTATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGctgctg > 1:2102041/1‑150 (MQ=255) agagTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGctgctg > 2:3044357/1‑150 (MQ=255) | CCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTGGG > CP009273/162756‑163051 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |