Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,399,210 | G→T | 94.1% | S304* (TCA→TAA) | lrhA ← | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,399,210 | 0 | G | T | 94.1% | 830.6 / 39.9 | 271 | S304* (TCA→TAA) | lrhA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/7); new base T (128/126); total (138/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGCC > CP009273/2399063‑2399358 | gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAat < 1:4279467/150‑1 (MQ=255) gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAat < 1:1369609/150‑1 (MQ=255) tACGTTCTGCACTATGCGATGTAGGATTTTTACTATAAAAAAGCCGCTGGGTTTTAAAACACGGCCTGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAatc < 2:3227452/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |