| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,408,000 | T→A | 9.5% | V351E (GTG→GAG) | ackA → | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,408,000 | 0 | T | A | 9.5% | 775.7 / 57.0 | 242 | V351E (GTG→GAG) | ackA | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (115/104); new base A (8/15); total (123/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCC > CP009273/2407852‑2408148 | actGGACGTTGACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCt < 2:4312784/148‑1 (MQ=255) aTGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTg > 1:1260833/1‑150 (MQ=255) tGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTgg < 1:1951776/150‑1 (MQ=255) 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gTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGcc > 2:210844/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGcc < 2:2739413/150‑1 (MQ=255) | GCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCC > CP009273/2407852‑2408148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |