Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,415,498 | G→T | 5.4% | T104T (ACG→ACT) | yfcH → | putative NAD‑dependent nucleotide‑sugar epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,415,498 | 0 | G | T | 5.4% | 1123.1 / 25.5 | 296 | T104T (ACG→ACT) | yfcH | putative NAD‑dependent nucleotide‑sugar epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (171/109); new base T (10/6); total (181/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
AGCAACCTCAACGGCGTTGATGCGGTAATCAACCTGGCCGGAGAACCGATTGCTGATAAACGCTGGACTCACGAGCAAAAAGAGCGTCTCTGCCAAAGCCGCTGGAATATCACGCAAAAACTGGTCGATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGA > CP009273/2415349‑2415647 | cAACCTCAACGGCGTTGATGCGGTAATCAACCTGGCCGGAGAACCGATTGCTGATAAACGCTGGACTCACGAGCAAAAAGAGCGTCTCTGCCAAAGCCGCTGGAATATCACGCAAAAACTGGTCGATTTGATTAATGCCAGCGACACGcc > 2:3747119/1‑150 (MQ=255) ccTCAACGGCGTTGATGCGGTAATCAACCTGGCCGGAGAACCGATTGCTGATAAACGCTGGACTCACGAGCAAAAAGAGCGTCTCTGCCAAAGCCGCTGGAATATCACGCAAAAACTGGTCGATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCAcc < 2:468016/150‑1 (MQ=255) cAACGGCGTTGATGCGGTAATCAACCTGGCCGGAGAACCGATTGCTGATAAACGCTGGACTCACGAGCAAAAAGAGCGTCTCTGCCAAAGCCGCTGGAATATCACGCAAAAACTGGTCGATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTc < 1:4380899/150‑1 (MQ=255) 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ggTCGATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGga > 1:1209063/1‑150 (MQ=255) ggTCGATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGga > 1:3477677/1‑150 (MQ=255) gATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGgaagaa > 1:95917/1‑150 (MQ=255) gATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGgaagaa < 2:3471962/150‑1 (MQ=255) gATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGgaagaa > 1:3826336/1‑150 (MQ=255) ttAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATtgcct < 1:4065383/150‑1 (MQ=255) tAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATtgcctg > 2:3176471/1‑150 (MQ=255) tAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATtgcctg > 2:2481926/1‑150 (MQ=255) tAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATtgcctg > 1:189924/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCg < 1:4227282/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCg < 1:4226986/150‑1 (MQ=255) ccAGCGACACTCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCggg < 2:392567/150‑1 (MQ=255) aGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGgcg < 1:846847/150‑1 (MQ=255) aGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGgcg < 1:3041207/150‑1 (MQ=255) cGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCa > 1:629269/1‑150 (MQ=255) 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cGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTg > 2:2569839/1‑150 (MQ=255) gCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGa > 2:3243659/1‑150 (MQ=255) | AGCAACCTCAACGGCGTTGATGCGGTAATCAACCTGGCCGGAGAACCGATTGCTGATAAACGCTGGACTCACGAGCAAAAAGAGCGTCTCTGCCAAAGCCGCTGGAATATCACGCAAAAACTGGTCGATTTGATTAATGCCAGCGACACGCCACCGTCGGTACTCATTTCCGGCTCGGCAACGGGCTATTATGGTGACTTAGGTGAAGTGGTGGTTACCGAAGAGGAACCGCCGCATAACGAATTTACCCATAAACTCTGCGCTCGCTGGGAAGAAATTGCCTGCCGGGCGCAAAGTGA > CP009273/2415349‑2415647 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |