| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,428,760 | C→A | 7.8% | R119L (CGC→CTC) | truA ← | tRNA pseudouridine(38‑40) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,428,760 | 0 | C | A | 7.8% | 1153.6 / 43.6 | 312 | R119L (CGC→CTC) | truA | tRNA pseudouridine(38‑40) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/157); new base A (9/16); total (139/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TGCACCGCACGGAACGAGGTGAAATCATTCTCGCCCAGCAAGCATTGCGCAGCCCGATGCATCCGTTCAGCGTCCAGCGGTTCGTAAAAATGGGTTACCCCTTTACTCAGTACCGCCGGGCGCAGCCGATGATTGTAGATGATGTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCGGTTGTTTCGAAATGCACA > CP009273/2428613‑2428909 | gCACCGCACGGAACGAGGTGAAATCATTCTCGCCCAGCAAGCATTGCGCAGCCCGATGCATCCGTTCAGCGTCCAGCGGTTCGTAAAAATGGGTTACCCCTTTACTCAGTACCGCCGGGCGCAGCCGATGATTGTAGATGATGTAGCGAt < 1:3524673/150‑1 (MQ=255) gCACCGCACGGAACGAGGTGAAATCATTCTCGCCCAGCAAGCATTGCGCAGCCCGATGCATCCGTTCAGCGTCCAGCGGTTCGTAAAAATGGGTTACCCCTTTACTCAGTACCGCCGGGCGCAGCCGATGATTGTAGATGATGTAGCGAt > 2:3325499/1‑150 (MQ=255) cACCGCACGGAACGAGGTGAAATCATTCTCGCCCAGCAAGCATTGCGCAGCCCGATGCATCCGTTCAGCGTCCAGCGGTTCGTAAAAATGGGTTACCCCTTTACTCAGTACCGCCGGGCGCAGCCGATGATTGTAGATGATGTAGCtata < 1:4389477/150‑1 (MQ=255) 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atgatTGTAGATGATGTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAgcgc > 1:513722/1‑150 (MQ=255) gatTGTAGATGATGTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCgg < 1:1936787/150‑1 (MQ=255) gatTGTAGATGATGTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCgg < 1:4186971/150‑1 (MQ=255) gatTGTAGATGATGTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCgg < 1:4186859/150‑1 (MQ=255) atTGTAGATGATGTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCGgt > 1:3711543/1‑150 (MQ=255) 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gatgTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCGGTTGTTTCGaa < 2:2128376/150‑1 (MQ=255) tgTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCGGTTGTTTCGAAAt < 1:3325499/150‑1 (MQ=255) | TGCACCGCACGGAACGAGGTGAAATCATTCTCGCCCAGCAAGCATTGCGCAGCCCGATGCATCCGTTCAGCGTCCAGCGGTTCGTAAAAATGGGTTACCCCTTTACTCAGTACCGCCGGGCGCAGCCGATGATTGTAGATGATGTAGCGATAACGGCGAGCCGTGGCGCTAAATCGGGCATGAAAATCATCAGGTACAGTTTTAACCCAACGCACAGCGATGTCACCAGGTAAATTCGCATTTACGCCCAAGGTCCACGCCGCGTCTTTGCGCAGCGCGGTTGTTTCGAAATGCACA > CP009273/2428613‑2428909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |