Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,504,065 | C→T | 16.8% | G319G (GGC→GGT) | yfeO → | putative ion channel protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,504,065 | 0 | C | T | 16.8% | 706.0 / 122.3 | 267 | G319G (GGC→GGT) | yfeO | putative ion channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (125/97); new base T (35/10); total (160/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
ATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGG > CP009273/2503916‑2504212 | ttCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCt > 2:565958/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGGGTGATTGGAGGACCAGTTTCGCTGTTTCAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCt < 2:4500216/150‑1 (MQ=255) tCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCtt < 2:4345297/150‑1 (MQ=255) gggggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTcg < 2:2176208/150‑1 (MQ=255) ttATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTg > 1:4015204/1‑150 (MQ=255) aTTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTggg > 1:2227946/1‑150 (MQ=255) aTTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTggg > 1:3549707/1‑150 (MQ=255) aCCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCtt > 1:1867327/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTc > 2:645081/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTc > 2:645109/1‑150 (MQ=255) aGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTccc < 1:2907778/150‑1 (MQ=255) aGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTccc > 2:498638/1‑150 (MQ=255) tGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAgtgt > 2:1782720/1‑150 (MQ=255) gTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGtt > 2:3998934/1‑150 (MQ=255) aaGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCg > 1:3429950/1‑150 (MQ=255) aGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCgg > 1:1181487/1‑150 (MQ=255) gCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGt < 1:3446833/150‑1 (MQ=255) gCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGt < 1:4391875/150‑1 (MQ=255) cTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTg > 2:2730664/1‑150 (MQ=255) tGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTgg > 2:4437238/1‑150 (MQ=255) aTGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCAt < 2:3232976/150‑1 (MQ=255) gagaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTa < 1:1920516/150‑1 (MQ=255) gagaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGAGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTa < 2:3663830/150‑1 (MQ=255) agaTGCAGCAGATGGTGGCAAGTCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAg < 2:2572019/150‑1 (MQ=255) agaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAg < 2:162625/150‑1 (MQ=255) gaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAgg > 2:1690672/1‑150 (MQ=255) gaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAgg < 1:2626661/150‑1 (MQ=255) gcagcaGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGtt < 2:2854787/150‑1 (MQ=255) 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ggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGa > 2:4421704/1‑150 (MQ=255) ggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGa > 2:3477208/1‑150 (MQ=255) ggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCAGTAGGGTTGATGCTGCATGa > 2:2468667/1‑150 (MQ=255) gCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAg > 1:3772790/1‑150 (MQ=255) gCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAg > 1:2342588/1‑150 (MQ=255) aaaTCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCa > 1:4167007/1‑150 (MQ=255) aaTCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCAc < 1:501905/150‑1 (MQ=255) aaTCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCAc < 1:2007334/150‑1 (MQ=255) gCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTccc < 2:772585/150‑1 (MQ=255) gCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTccc < 2:3124165/150‑1 (MQ=255) gCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTccc > 2:2402203/1‑150 (MQ=255) gCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTccc < 2:3124144/150‑1 (MQ=255) ttCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCAGTCGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCccgcc > 2:4229962/1‑150 (MQ=255) cAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGt > 2:1102365/1‑150 (MQ=255) aGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTa < 2:1408825/150‑1 (MQ=255) aGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTa > 2:3386766/1‑150 (MQ=255) gCACCAGCGATTACTTTTTGCAGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGAGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGGTCCCGCCGTAc > 1:4357776/1‑150 (MQ=255) ccAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAg > 1:1388296/1‑150 (MQ=255) ccAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAg > 1:2584343/1‑150 (MQ=255) ccAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGAGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAg > 1:2584279/1‑150 (MQ=255) 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gccCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTg > 1:1030752/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGTTGCTGTCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtg < 1:905322/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtg > 2:42671/1‑150 (MQ=255) tCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtggtgg < 2:4069213/150‑1 (MQ=255) cggtgctgcCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTggtggt < 2:3429950/147‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |