Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,617,515 | T→G | 5.5% | I371M (ATT→ATG) | ppk → | polyphosphate kinase, component of RNA degradosome |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,617,515 | 0 | T | G | 5.5% | 793.9 / 33.9 | 255 | I371M (ATT→ATG) | ppk | polyphosphate kinase, component of RNA degradosome |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (129/112); new base G (7/7); total (136/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
ATTTGGTTTGATAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTGGCGAAAGATTCACGCATCATCGACTCGATGATCCACGCCGCACATAACGGTAAGAAAGTCACCGTGGTGGTTGAGTTACAGGCGCGTTTCGACGAAGAAGCCAACATTCACTGGGCGAAGCGCCTGACCGAAGC > CP009273/2617366‑2617664 | atTTGGTTTGATAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAAtt < 2:1400147/150‑1 (MQ=255) tGGTTTGATAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAAc < 2:1326198/150‑1 (MQ=255) gTTTGATAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACAt < 2:2302752/150‑1 (MQ=255) gTTTGATAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACAt < 2:4540997/150‑1 (MQ=255) tGATAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTa < 1:2973748/150‑1 (MQ=255) gATAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTAc > 1:4086685/1‑150 (MQ=255) aTAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTAcc < 1:3625444/150‑1 (MQ=255) tAAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACACTTACcg > 1:3714366/1‑150 (MQ=255) aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACcgcg > 2:1697098/1‑150 (MQ=255) aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACcgcg > 1:1873571/1‑150 (MQ=255) cccAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTgg < 1:1167614/150‑1 (MQ=255) cccAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTgg < 1:1166808/150‑1 (MQ=255) aGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTGGCGa < 2:2844319/150‑1 (MQ=255) 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ttttGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATGAACATTTACCGCGTGGCGAAAGATTCACGcat < 1:1283890/150‑1 (MQ=255) gATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTGGCGAAAGATTCACGCatcatc < 2:727473/150‑1 (MQ=255) aTGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTGGCGAAAGATTCACGCATCATCg < 1:4249484/150‑1 (MQ=255) gCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTGGCGAAAGATTCACGCATCATCGAc < 1:277595/150‑1 (MQ=255) aTTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCCTTATCACACCTTTGAGCATGTGCTGGAACTGCTGCGTCAGGCTTCGTTCGACCCGAGCGTACTGGCGATTAAAATTAACATTTACCGCGTGGCGAAAGATTCACGCATCATCGACTCg > 1:616459/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |