Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,666,401 | C→A | 5.5% | G332G (GGC→GGA) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,666,401 | 0 | C | A | 5.5% | 991.8 / 21.9 | 262 | G332G (GGC→GGA) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/104); new base A (7/8); total (150/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ATGGTGCACTACACCGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGTTTAATCTGCAAAACGGCGTGCTTATCGGTGCGGTCACGCTGAATCAGGGGCGTGAGATTCGCCCAATTCGCAAATGGATCCAGAGCGG > CP009273/2666253‑2666550 | aTGGTGCACTACACCGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCg > 1:1850330/1‑150 (MQ=255) gTGCACTACACCGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGata < 2:4211058/150‑1 (MQ=255) gCACTACACCGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATg < 2:3265960/150‑1 (MQ=255) cACTACACCGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGc > 2:3376097/1‑150 (MQ=255) cacCGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGc < 2:4040598/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGa > 2:2437693/1‑150 (MQ=255) gCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGAGATATGCGTGGCGATg < 1:1384196/150‑1 (MQ=255) tGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTCCCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGAc > 1:3662718/1‑150 (MQ=255) tGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGAc > 1:2405174/1‑150 (MQ=255) gAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTgg > 2:1293611/1‑150 (MQ=255) aGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCtt < 1:2289940/150‑1 (MQ=255) gCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCttt < 2:3324849/150‑1 (MQ=255) gCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCttt > 1:2052036/1‑150 (MQ=255) 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aaCCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGaa > 2:1135196/1‑150 (MQ=255) aGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTc > 1:2503969/1‑150 (MQ=255) gcgcAACTTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAg < 2:4279978/150‑1 (MQ=255) cgcAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGa < 2:181612/150‑1 (MQ=255) cAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTTGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCAGGAAACTCAGAAg < 2:2028385/150‑1 (MQ=255) cAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATGGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAg < 2:2653073/150‑1 (MQ=255) aaaTTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAgg < 2:368189/150‑1 (MQ=255) aaaTTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAgg < 2:1107963/150‑1 (MQ=255) aaTTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGAGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGc > 2:5501/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCg > 1:1000769/1‑150 (MQ=255) 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ctgccgcAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGt > 1:535719/1‑150 (MQ=255) gccgcAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGttt < 2:2205599/150‑1 (MQ=255) cgcAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCTGTACAGTGATAACTTTCAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGTTTaa < 2:2627689/150‑1 (MQ=255) cgcAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGTTTaa < 1:3007783/150‑1 (MQ=255) gcAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGTTTAAt > 1:1045921/1‑150 (MQ=255) 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gCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGTTTAATCTGCAAAACGGCGTGCTTATCGGTGCGGTCACGCTGAATCAGGGGCGTGAGATTCGCCCAATTCGCAAATGGATCCAGAGCg < 2:4524304/150‑1 (MQ=255) cGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGTTTAATCTGCAAAACGGCGTGCTTATCGGTGCGGTCACGCTGAATCAGGGGCGTGAGATTCGCCCAATTCGCAAATGGATCCAGAGCgg > 2:2951202/1‑150 (MQ=255) | ATGGTGCACTACACCGCTGCGAAAGCTGGGAAAACGCCAATAACCAGGCGCAAATTGCCGCTGCCGCAATGTTAGGGCTACCGCTACCGCTACTGCCGCCGCCGTGGTTCTGGAGCGATCAGTACAGTGATAACTTACAGTTTATTGGCGATATGCGTGGCGATGACTGGCTTTGTCGTGGCAACCCGGAAACTCAGAAGGCGATTTGGTTTAATCTGCAAAACGGCGTGCTTATCGGTGCGGTCACGCTGAATCAGGGGCGTGAGATTCGCCCAATTCGCAAATGGATCCAGAGCGG > CP009273/2666253‑2666550 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |