Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 230,579 | C→T | 100% | E231K (GAA→AAA) | gloB ← | hydroxyacylglutathione hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 230,579 | 0 | C | T | 94.9% | 1062.8 / 30.8 | 314 | E231K (GAA→AAA) | gloB | hydroxyacylglutathione hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/4); new base T (142/154); total (156/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
CTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAAA > CP009273/230430‑230724 | tttGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGtttttt > 2:2452071/1‑150 (MQ=255) tttGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGtttttt < 2:3764459/150‑1 (MQ=255) ttGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTtttttc > 2:4077985/1‑150 (MQ=255) tGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTca > 1:3017834/1‑150 (MQ=255) gCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcat < 1:2934965/150‑1 (MQ=255) gCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcat < 1:4383484/150‑1 (MQ=255) cTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcatta < 1:1807466/150‑1 (MQ=255) tCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaat > 1:248751/1‑150 (MQ=255) tCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaat > 2:2414787/1‑150 (MQ=255) cATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatt < 1:1020977/150‑1 (MQ=255) cATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatt < 1:4130239/150‑1 (MQ=255) aTGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatta < 1:3492972/150‑1 (MQ=255) tgtgtgtgTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattac > 1:1373015/1‑150 (MQ=255) tgtgtgtgTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTG‑TGCAATAATGTTTTTTcattaattaca > 2:343250/1‑150 (MQ=255) ttgtgtttAAATAGGTGCTTAAAAGACGAACGATCATAACGGCGAACGGATGCGAAGACCATAAAGTTTTATCACAACCCAACGTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattaca < 1:3214141/149‑1 (MQ=255) tgtgtgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacat > 2:2776094/1‑150 (MQ=255) gtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacattaatt < 1:1515448/150‑1 (MQ=255) gtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacattaatt > 1:597364/1‑150 (MQ=255) 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tAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTGTTCATTAATTACATTAATTAAATCATTATCtt > 2:4405180/1‑150 (MQ=255) aaaaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTc < 2:2462872/150‑1 (MQ=255) aaaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTcc > 1:4034623/1‑150 (MQ=255) aaaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTcc < 2:4144876/150‑1 (MQ=255) aaaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTcc < 1:3736855/150‑1 (MQ=255) aaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCg < 2:1334793/150‑1 (MQ=255) aaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCg > 1:1092339/1‑150 (MQ=255) acCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATAAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTa > 2:3241100/1‑150 (MQ=255) gATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTATATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaa > 1:2337428/1‑150 (MQ=255) gATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaa < 1:2714613/150‑1 (MQ=255) gATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaa < 1:2331182/150‑1 (MQ=255) aTCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaaa > 1:3767830/1‑150 (MQ=255) cATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaaata > 1:3421889/1‑148 (MQ=255) aTAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAAc < 1:909504/150‑1 (MQ=255) aTAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAAc < 1:2591902/150‑1 (MQ=255) aTAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAAc < 1:2542522/150‑1 (MQ=255) tAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACa > 2:169923/1‑150 (MQ=255) aaCGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACAt < 1:4325671/150‑1 (MQ=255) ggCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTaa > 1:2249994/1‑150 (MQ=255) gAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAAttt < 2:1978206/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |