| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,711,249 | G→T | 8.1% | G213G (GGC→GGA) | yfiF ← | putative methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,711,249 | 0 | G | T | 8.1% | 1074.1 / 42.5 | 290 | G213G (GGC→GGA) | yfiF | putative methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (133/133); new base T (8/16); total (141/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
TCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACGCTTT > CP009273/2711100‑2711398 | tcCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATg < 2:2660763/150‑1 (MQ=255) cAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGcc > 2:3174494/1‑150 (MQ=255) gCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAc < 1:4480720/150‑1 (MQ=255) gCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAc > 1:1782185/1‑150 (MQ=255) cACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAcc > 2:1022517/1‑150 (MQ=255) aCGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAccc > 1:401541/1‑150 (MQ=255) gTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAg > 2:775273/1‑150 (MQ=255) tAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATTCCACCCAGGt > 2:733876/1‑150 (MQ=255) aaCAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCAACATTCCACCCAGGtt > 2:2064626/1‑150 (MQ=255) cAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTAt > 2:2973870/1‑150 (MQ=255) cAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTAt < 1:2645809/150‑1 (MQ=255) cAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTAt > 1:2272407/1‑150 (MQ=255) aTGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATTCCACCCAGGTTATGc > 1:29004/1‑150 (MQ=255) aTGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGc > 1:790125/1‑150 (MQ=255) tgttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCg < 2:2851395/150‑1 (MQ=255) tgttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGACACCCAGGTTATGCg > 1:546430/1‑150 (MQ=255) gttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCgg < 2:4148445/150‑1 (MQ=255) ttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCggg < 1:1108736/150‑1 (MQ=255) 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aGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTc > 1:987678/1‑150 (MQ=255) tAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGt > 2:3540052/1‑150 (MQ=255) aTCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGttt < 2:721891/150‑1 (MQ=255) tCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGtttt > 2:1580519/1‑150 (MQ=255) cTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGACGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAg > 2:4352934/1‑150 (MQ=255) cTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAg > 2:2178171/1‑150 (MQ=255) tGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGt > 1:2103105/1‑150 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGc < 1:2439826/150‑1 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGc < 2:2582493/150‑1 (MQ=255) tGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGAAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGa > 2:3492457/1‑150 (MQ=255) 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cgccTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCt < 2:603723/150‑1 (MQ=255) cgccTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCt > 1:3218658/1‑150 (MQ=255) gccTTCTGCGGTACGGATATCCGCCCCCGACTCCAGAAGTGCCGCATCCGGCACCACGTCACCTTTCACGCCGTTGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGTTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTg < 1:2105463/150‑1 (MQ=255) tCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGAGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTgcgcg < 1:2936891/150‑1 (MQ=255) gCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATTCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCgcct < 1:1276732/150‑1 (MQ=255) 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cGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCa < 2:1655372/150‑1 (MQ=255) gACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCaa > 1:2431653/1‑150 (MQ=255) acCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATTCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCaagaa < 1:4337375/150‑1 (MQ=255) ccTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCaagaag < 1:2011556/150‑1 (MQ=255) cTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGCGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTTATCAAGAAGc < 1:3547784/150‑1 (MQ=255) 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aGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCg > 2:3670682/1‑150 (MQ=255) cTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTg > 1:2446946/1‑150 (MQ=255) tGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGc < 2:669634/150‑1 (MQ=255) gcgcATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGcc < 2:987664/150‑1 (MQ=255) cgcATCATTCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCt < 2:4047181/150‑1 (MQ=255) 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catGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACGc > 2:884073/1‑150 (MQ=255) tGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACGCtt < 1:3506068/150‑1 (MQ=255) | TCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACGCTTT > CP009273/2711100‑2711398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |