Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,742,753 | C→A | 6.5% | I207I (ATC→ATA) | yfjD → | UPF0053 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,742,753 | 0 | C | A | 6.5% | 1042.8 / 31.6 | 277 | I207I (ATC→ATA) | yfjD | UPF0053 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/139); new base A (14/4); total (134/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TATCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGACATCATGGTGCCGCGCAGTGAAATTATCGGTATTGATATCAACGATGACTGGAAATCGATTCTGCGCCAACTCTCCCACTCACCTCACGGGCGCATCGTGCTCTACCGTGATTCGCTGGACGACGCCATCAGTATGCTGCGAGTACGTGAAGC > CP009273/2742606‑2742902 | tATCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGAcatcat > 2:3024482/1‑150 (MQ=255) tATCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGAcatcat > 2:744820/1‑150 (MQ=255) tATCAAAACCGATATCGTGGTTAGCGGCTCTTTGAGCAAAGAAGAGTTGCGCACTATCGTGCACGAATCACGCTCACAAATTTCCCGTCGCAATCAGGATATGCTGCTGTCGGTGCTCGATCTGGAAAAAATGACCGTTGATGAcatcat > 1:1974149/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |