Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,767,365 | A→T | 5.7% | Y230F (TAT→TTT) | yfjW → | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,767,365 | 0 | A | T | 5.7% | 928.3 / 31.8 | 281 | Y230F (TAT→TTT) | yfjW | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/158); new base T (8/8); total (114/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
AACCGCTGTTATATATTTATTGTTTGCCCGGCAGGCGGTAGAGATTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATACACAGGGTTTAAGTGGTGCTGATATTTATATTGTCTCCGGTTGTTATGCCCTTCCAGATTTACTTCGCAATGTACCGCTTGATGCTAAAAAATCTTTTCTGAATGTAA > CP009273/2767216‑2767514 | aCCGCTGTTATATATTTATTGTTTGCCCGGCAGGCGGTAGAGATTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTAt < 1:2655739/150‑1 (MQ=255) ccGCTGTTATATATTTATTGTTTGCCCGGCAGGCGGTAGAGATTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATc < 1:2159402/150‑1 (MQ=255) cGCTGTTATATATTTATTGTTTGCCCGTCATGCGGTAGAGATTGAGATGGATATATCTGAAGTTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCt < 1:4179837/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |