| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,774,902 | G→T | 6.3% | T395K (ACG→AAG) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,774,902 | 0 | G | T | 6.3% | 1019.0 / 28.7 | 270 | T395K (ACG→AAG) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/134); new base T (10/7); total (129/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAA > CP009273/2774753‑2775051 | ccccATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCg < 1:3656653/150‑1 (MQ=255) ccATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGtt > 2:1070133/1‑150 (MQ=255) aTGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTcc < 2:3318217/150‑1 (MQ=255) tgCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGAGATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCt > 2:4496368/1‑150 (MQ=255) cAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTGTGCGTTCCGCTGt < 2:239747/150‑1 (MQ=255) tACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCTTTCCGCTGTTGa > 1:4138909/1‑150 (MQ=255) aCCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGat < 2:2278030/150‑1 (MQ=255) ccgccgGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGata < 2:3087064/150‑1 (MQ=255) cgccgGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGatat > 2:1786518/1‑150 (MQ=255) gccgGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATAtt > 1:4196107/1‑150 (MQ=255) ccgGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTg < 1:2805056/150‑1 (MQ=255) aGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCTTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCtg > 1:1417112/1‑150 (MQ=255) aGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCtg < 1:231613/150‑1 (MQ=255) aaTCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGc < 2:3170552/150‑1 (MQ=255) aTCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCt < 1:3773585/150‑1 (MQ=255) aTCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCt < 1:1514560/150‑1 (MQ=255) tCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTTCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATACTTGATCTGACAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTa > 1:4435178/1‑150 (MQ=255) aGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATAGTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATg > 2:4319652/1‑150 (MQ=255) gCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCGTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGc > 2:4382039/1‑150 (MQ=255) cGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGcc < 1:4003502/150‑1 (MQ=255) gAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCa < 1:1156017/150‑1 (MQ=255) gAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCa > 2:593209/1‑150 (MQ=255) aGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCAt > 2:2080200/1‑150 (MQ=255) aGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCAt > 1:4389336/1‑150 (MQ=255) aGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCAt < 2:866364/150‑1 (MQ=255) ccTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATaa < 1:1102920/150‑1 (MQ=255) tCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAatt > 2:3218791/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAatta < 2:3071513/150‑1 (MQ=255) 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tAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAatat < 2:4051130/150‑1 (MQ=255) tAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAatat > 1:3110302/1‑150 (MQ=255) tAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAatat > 1:3110387/1‑150 (MQ=255) atatTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTc < 2:876934/150‑1 (MQ=255) tatTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGATGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCAGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGATGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAAAAttat > 2:441301/1‑148 (MQ=255) atTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCtg > 1:450784/1‑150 (MQ=255) atTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGATATTCCTTAATTAGTAATATTCtg < 2:3666366/150‑1 (MQ=255) tgctgcCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCtgtg < 2:4196107/150‑1 (MQ=255) gcCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGcc < 2:644487/150‑1 (MQ=255) ccAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGcca < 1:4399317/150‑1 (MQ=255) 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tttGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTa > 2:542367/1‑150 (MQ=255) tGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAg > 2:1908233/1‑150 (MQ=255) tGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATAATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAg > 2:1795543/1‑150 (MQ=255) atTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCAtt < 1:2035780/150‑1 (MQ=255) ttttGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTg < 2:490996/150‑1 (MQ=255) 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gCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTa < 1:1586807/150‑1 (MQ=255) gTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTaaa > 2:1126932/1‑150 (MQ=255) | CCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCATCTTTCTCAACAACCTGCCGGCTCCCGGAGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAA > CP009273/2774753‑2775051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |